Découvrez ce qui se cache au-delà des limites de l'évolution. PROTOTYPE met les joueurs dans la peau d'Alex Mercer, un être génétiquement modifié, capable de changer de forme, et amnésique. Bien décidé à élucider le mystère de son existence, il s'aventure dans un New York surpeuplé en se déplaçant avec fluidité dans un style Parkour, et en prenant l'apparence, les souvenirs et les capacités de ceux qui se mettent sur sa route.
